围绕农村土地管理制度改革，多年来，一些地方积极开展集体建设用地和宅基地改革探索，取得了重要进展。广东、安徽、湖北等地先后出台了全省性的规范集体建设用地流转规定，为完善农村集体建设用地权能奠定了实践基础。
2013年，改革全面提速。4月18日，《保发展保红线工程2013年行动方案》明确，探索建立农村集体经营性建设用地使用权流转制度，促进城乡统一的土地市场建设。
11月15日，《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》发布，提出建立城乡统一的建设用地市场，明确了深化农村土地制度改革的方向、重点和要求，进一步扩大了土地权能，不仅允许土地承包经营权抵押、担保，而且赋予了农村集体经营性建设用地与国有建设用地平等的地位和相同的权能，农村土地管理制度改革正式步入破冰期。
持续加大信访接待及案件转办交办、实地核查、督察整改等工作力度，是国土资源部门扎实推进保权益的重要切入点。国土资源部明确要求，对信访问题突出的省份及其重点案件、问题，定期通报，约谈相关责任人。对整改不力的省份，暂停办理建设用地审批手续，取消建设用地指标奖励追加资格。
在推进党的群众路线教育实践活动中，国土资源部党组确定了两项自选动作，其中一项就是开展维护被征地农民合法权益专项督察，对拖欠征地补偿安置费用、违规征占土地侵害农民合法权益等问题，进行一次集中清理。12月17日，国土资源部召开维护被征地农民合法权益专项督察工作座谈会。会上，国土资源部部长姜大明强调，土地权益和矿产权益都是群众的命根子，一定要落实好、维护好，尽心尽力维护群众权益。
6月24日，促进城镇化健康发展土地管理制度改革座谈会透露，国土资源部成立土地管理制度改革研究小组，历时10个月，开展了10多个专题、11个省共50多个城市的同步同口径调研，形成了7方面27条改革政策建议。
12月12日～13日，中央城镇化工作会议召开。会议提出，要按照严守底线、调整结构、深化改革的思路，严控增量、盘活存量、优化结构、提升效率，切实提高城镇建设用地集约化程度。按照促进生产空间集约高效、生活空间宜居适度、生态空间山清水秀的总体要求，形成生产、生活、生态空间的合理结构。减少工业用地，适当增加生活用地特别是居住用地，切实保护耕地、园地、菜地等农业空间，划定生态红线，按照守住底线、试点先行的原则稳步推进土地制度改革。
这一年，国土资源部门牢牢树立大国土、大资源、大地质、大生态的理念，着力推进国土资源数量、质量、生态三位一体综合管理和国土资源、资产、资本三位一体协同管理，进一步明确促进生态文明建设的主要任务，将生态文明建设理念融入各项工作实践中。
在地灾防治方面，9月13日，国土资源部办公厅发出《关于开展地质灾害防治高标准“十有县”建设工作的通知》；在绿色矿山建设方面，10月20日召开的2013年中国绿色矿山和谐矿区经验交流会透露，按照全国矿产资源规划确定的“大力推进绿色矿山建设，到2020年绿色矿山格局基本建立”的总体目标推进，国土资源部确定的国家级绿色矿山总体规模已经达到459家；在土地整治方面，国土资源部、财政部对9个在建土地整治重大工程和10个土地整治示范省建设情况的评估结果显示，重大工程和示范省建设总体进展较好，共新增耕地518万亩，建成高标准基本农田3400多万亩，在促进耕地增量提质、改善农村生产生活条件、改善生态环境等多方面取得成效。
整合不动产登记职责、建立不动产统一登记制度，是国务院机构改革和职能转变方案的重要内容，也是完善社会主义市场经济体制、建设现代市场体系的必然要求，对于保护不动产权利人合法财产权，提高政府治理效率和水平，尤其是方便企业、方便群众，具有重要意义。会议明确，由国土资源部负责指导监督全国土地、房屋、草原、林地、海域等不动产统一登记职责，基本做到登记机构、登记簿册、登记依据和信息平台“四统一”；建立不动产登记信息管理基础平台，实现不动产审批、交易和登记信息在有关部门间依法依规互通共享，消除“信息孤岛”。
11月29日，国家电子文件管理信息系统建设试点——全国宗地统一代码电子文件管理信息系统工程，在北京通过初步验收。试点工程将以宗地统一代码为核心的土地管理信息融入国家信息化试点，为不动产统一登记信息平台建设奠定了技术基础。
能源资源勘查方面，2012年，采用“煤铀兼探”的方法，新查明一个世界级超大型砂岩型铀矿，实现了著名的“大营突破”，同时在北方盆地初步验证一批铀矿找矿靶区，有望重塑我国铀矿开发利用新格局。煤炭勘查上也有新突破，在新疆和山西新增一批大型—超大型煤炭矿产地，在福建等南方缺煤省份也有新发现。
金属矿产勘查取得一批世界级的重大发现。江西武宁大湖塘钨矿探明储量达106万吨，为世界级特大型矿床规模，有望成为世界最大钨矿，估算经济价值超过1500亿元；新发现3个超大型钼矿和两个超大型镍矿，其中新疆坡北特大型镍矿资源量超过200万吨，规模仅次于我国第一大的金川镍矿。
地理国情普查是一项重大的国情国力调查，开展全国地理国情普查，系统掌握权威、客观、准确的地理国情信息，是制定和实施国家发展战略与规划、优化国土空间开发格局和各类资源配置的重要依据，是推进生态环境保护、建设资源节约型和环境友好型社会的重要支撑。
地理国情主要是指地表自然和人文地理要素的空间分布、特征及其相互关系，是基本国情的重要组成部分。普查内容主要包括两方面：一是自然地理要素的基本情况，包括地形地貌、植被覆盖、水域、荒漠与裸露地等的类别、位置、范围、面积等，掌握其空间分布状况；二是人文地理要素的基本情况。
根据新一轮国务院机构改革方案，在原国家海洋局、中国海监、公安部边防海警、农业部中国渔政、海关总署海上缉私警察的基础上，重新组建国家海洋局。
从“三定”方案内容上看，加强海洋综合管理、统筹规划和强调海上统一执法，是新组建的国家海洋局的最大亮点。尤其是在海上执法方面，连续用了“四个统一”：统一规划，统一建设，统一管理，统一指挥，并强调“中国海警局可以直接指挥海警总队开展海上维权执法”，为加强海洋维权提供了保障。
11月22日，国土资源部办公厅、住房城乡建设部办公厅联合发出《关于坚决遏制违法建设、销售“小产权房”的紧急通知》，明确指出建设、销售“小产权房”，严重违反土地和城乡建设管理法律法规，不符合土地利用总体规划和城乡建设规划，不符合土地用途管制制度，冲击了耕地保护红线，扰乱了土地市场和房地产市场秩序，损害了群众利益，影响了新型城镇化和新农村建设的健康发展，建设、销售和购买“小产权房”均不受法律保护。
12月17日，国土资源部决定，利用半年左右的时间，对违法建设、销售“小产权房”问题进行专项整治。主要任务是，以落实有关要求为目标，在地方人民政府的领导和相关部门配合下，对在建、在售“小产权房”行为坚决叫停，对典型案件严肃查处，对有关责任人严肃追究，坚决遏制违法建设、销售“小产权房”。
二次调查是新中国成立以来，首次采用统一的土地利用分类国家标准、首次采用覆盖全国遥感影像调查底图的全国性土地调查，做到了图、数、实地一致。
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